La historia internacional cambió para bien en este siglo para Lanús, ya que logró los dos Copas Sudamericanas. Sin embargo, en la totalidad de finales disputadas, su saldo no es tan positivo: disputó ocho finales, de las cuáles sólo ganó tres.
La primera vez que disputó una final fue por la Copa Conmebol 1996, donde se coronó campeón ante Independiente Santa Fe. En la ida, el Granate logró la victoria por 2-0, mientras que en la vuelta, el elenco colombiano ganó 1-0 pero no le alcanzó.
La segunda final fue un año más tarde ante el Atlético Mineiro, por la copa Conmebol. Sin embargo, esta vez, no se coronó: en la ida, cayó 4-1 como local y en la vuelta, empataron 1-1.
Después, la tercera final fue perteneciente a la Sudamericana 2013, donde levantó el título ante el Ponte Preta: la ida fue 1-1 en Brasil y la vuelta, fue triunfo del Granate por 2-0.
Por su parte, en 2014 cayó en dos finales: la primera fue por la Recopa Sudamericana ante Atlético Mineiro, donde cayó 1-0 como local y perdió 4-3 en tiempo suplementario en Brasil. Y la segunda fue por la Suruga Bank, donde perdió 2-1 ante el Kashiwa Reysol de Japón.
En 2017, disputó la final de la Copa Libertadores donde cayó ante Gremio: la ida en Brasil fue derrota 1-0 y la vuelta, en Lanús, fue victoria del elenco brasileño por 2-1.
En 2020 enfrentó en la final de la Copa Sudamericana a Defensa y Justicia, donde fue derrota 3-0 en Córdoba. Pero en 2025 tuvo revancha y levantó la Sudamericana ante Atlético Mineiro, donde ganó 5-4 en los penales luego de empatar 0-0 en tiempo reglamentario.
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